Se encuentra dentro del edificio del Azopardo 350, una obra arquitectónica del estudio Lanús Y Hary inaugurado en 1910 como parte de las reforma del nuevo complejo Puerto Madero.
El actual museo no solo evoca la historia d ela institución, sino también la de sus empleados, los que con su trabajo diario contribuyeron al control de nuestro comercio internacional y aportaron a la recaudación para mantener vivas las instituciones públicas nacionales.
Una sala evoca la heroica gesta de la guerra de Malvinas y a los jóvenes aduaneros que en ella prestaron servicio a la patria.
